Die Musikschule Hechtsheim arbeitet mit mehreren Bildungseinrichtungen eng zusammen, um den geistigen Austausch zwischen den einzelnen Institutionen zu fördern. So hat die Musikschule Hechtsheim mit dem Peter-Cornelius-Konservatorium der Stadt Mainz im Jahre 1999 einen Kooperationsvertrag geschlossen. Weiterhin startete im Februar 2012 in Zusammenarbeit mit der IGS Mainz-Hechtsheim ein Cajon-Workshop für den Fachbereich Musik, in dem Schüler zusammen mit Markus Klee (Musikschule Hechtsheim) und Bernhard Grill (Musiklehrer an der IGS) lernten, auf Cajons selbst zu spielen. Den Abschluss dieses Projektes bildete die Schuleinweihungsfeier für die neuen Klassen an der IGS. Im neuen Schuljahr 2012 / 2013 bietet die Musikschule Hechtsheim einen Cajonkurs „Cajons selbst bauen und anschließend lernen, darauf zu spielen“ in Zusammenarbeit mit der IGS Hechtsheim und dem Willigis-Gymnasium Mainz an. In diesem Zusammenhang trat die so entstandene Cajon-Gruppe des Willigis-Gymnasium in Mainz bei der Veranstaltung „Mary’s Meal“ erfolgreich auf. Ebenfalls seit dem neuen Schuljahr 2012 / 2013 baut die IGS Hechtsheim in Kooperation mit der Musikschule Hechtsheim ein Schulorchester auf. Die Musikschule ist hierbei für ergänzenden Instrumentalunterricht in Kleingruppen zuständig und arbeitet Hand in Hand mit dem Leiter des Orchesters, Herrn Bernhard Grill (IGS). Darüber hinaus hat die Musikschule Hechtsheim seit dem Schuljahr 2013/2014 eine Kooperation zur Grundschule Mainz-Ebersheim, wo ein Kinderchor angeboten wird. Seit 2014 kopperiert die Musikschule mit der Lyra Ebersheim / Lörzweiler, wo Instrumentalunterricht auf Blasinstrumenten angeboten wird. Ebenfalls seit 2014 kooperiert die Musikschule mit der Stiftung Schlaraffia Moguntia Mainz und im Jahre 2015 fand eine Zusammenarbeit mit dem Verein Soroptimisten Mainz-Rosengarten statt.